L'edificio, progettato dall'architetto Sandro Benedetti, ardimentoso e di notevole interesse dal punto di vista architettonico quanto a forma e dimensioni, richiama nella sua essenzialità, la spiritualità tipica di San Francesco di Paola.
Vi è in essa il richiamo alla grotta, poiché incavata nella montagna; un'allusione al patronato del Santo sulla gente di mare, dal momento che nella globalità la nuova aula liturgica, è realizzata a forma di nave con le vele spiegate.
Nelle vetrate, rimane impresso ed indelebile il contesto nel quale la costruzione è nata, ossia gli anni di preparazione al grande Giubileo dell'anno 2000 dedicati alla contemplazione del mistero Trinitario. L'edificio è lungo 100 m e largo 40.
Complessivamente comprende: La Nuova Aula Liturgica su due livelli (quella bassa e quella rialzata dell'ampio matroneo); gli spazi dell'interrato (sala convegni, penitenzeria,cripta,sala esposizioni).
L'interno è composto di colonne simmetriche, che reggono l'ampio soffitto in legno lamellare, che richiama le volte romaniche dell'antica Basilica.