Dal pronao della Chiesa, si passa nel Chiostro leggermente rettangolare, formato da archi gotici poggianti su pilastri lapidei con capitelli nella parte inferiore, mentre sono rinascimentali quelli superiori in parte murati.
E' di una suggestiva bellezza e semplicità, con giardinetto interno e vasca al centro. Da un angolo sopravanza buona parte della torre campanaria, preceduta da un magnifico palmizio.
All'inizio della parete destra, adiacente alla Chiesa, subito dopo l'ingresso, c'è un bell'affresco con mezza figura di S. Francesco, nei tradizionali lineamenti, che si riallacciano al Bourdichon. Le lunette sono tutte affrescate con scene della Vita di S. Francesco: hanno un valore documentario più che artistico e meriterebbero di essere ravvivate.
A incominciare dalla destra dell'ingresso sono le seguenti: 1) Leone X proclama la Canonizzazione del Santo (1519);