La morte arrivò, certamente attesa da tempo. Fu un eccezione in quel tempo una vita così lunga: 91 anni. Quando arrivò egli era nel pieno delle sue forze mentali e fisiche, anche se, quest'ultime, erano quelle di un vecchio. Egli era più che mai impegnato nella guida dell'Ordine: aveva da poco ottenuto l'approvazione della IV Regola, e stava preparando il Capitolo Generale per il dicembre del 1507: sarebbe stato importante perché dovevano risolversi i problemi relativi all'accettazione da parte di tutti della IV Regola. Egli sapeva che su questo punto esistevano tensioni tra i suoi frati. C'erano inoltre le ultime fondazioni, ultima quella del convento di Bomiers, a renderlo particolarmente impegnato. Egli riusciva a tenere in mano saldamente l'Ordine, cercando in tutti modi, soprattutto parlando ripetutamente ai frati, di tenere ferma la proposta che aveva formulato nella Regola. E tutto questo lo faceva nel pieno possesso delle sue forze fisiche e mentali. La malattia lo colse la domenica delle palme, il 28 marzo 1507, con una febbre insistente, che si andò aggravando durante la settimana santa, da non impedirgli, però, di recarsi da solo in chiesa il giovedì per ascoltare la Messa "in Caena Domini" e ricevere la comunione tra le lacrime. Si ritirò in camera, dove convocò tutti i religiosi del convento, come era solito fare alla vigilia dei giorni di festa. Li esortò ad osservare la Regola, alla carità scambievole e soprattutto all'osservanza del voto di vita quaresimale. Mentre parlava, però, il supporto ove poggiava il braciere arroventato prese fuoco. Mentre si correva di qua e di là per evitare l'incendio e trovare un altro supporto, Francesco prese il braciere tra le mani e disse: Come io posso tenere in mano questo braciere senza bruciarmi, così voi potrete osservare quello che vi propongo nella Regola, se amate veramente Dio. Al venerdì mattina si fece leggere la passione del Signore secondo S. Giovanni, si asperse più volte con l'acqua benedetta, guardando ripetutamente verso il crocifisso. Poco prima di spirare pronunciò l'ultima preghiera: O Signore Gesù Cristo, buon pastore delle anime nostre, conserva i giusti, converti i peccatori, porta in cielo le anime dei defunti e sii propizio a me miserabilissimo peccatore.
E così spirò. Erano circa le lO del mattino del 2 aprile del 1507. Il suo corpo fu sepolto nella chiesa conventuale di Tours, ove rimase in grande venerazione fino al 1562, quando nel contesto delle guerre di religione, gli Ugonotti proprio per rendere un oltraggio a1itìiìmi, in prima linea nella difesa dell' ortodossia cattolica, estrassero dal sepolcro il corpo di S. Francesco, ancora intatto, e lo diedero alle fiamme. Si salvarono solo poche ossa, conservate ora in parte a Paola (dove furono portate nel 1935) e in parte nella chiesa parrocchiale di Notre Dame di La Riche.