Istituendo l'Ordine dei Minimi, S. Francesco dà un contributo importante alla riforma della Chiesa, ponendosi nel contesto di riforma dal basso, che caratterizzava tanti tentativi all'interno della Chiesa, soprattutto tra i religiosi.
Di questi movimenti egli assorbe le tematiche, proponendo così una riforma intesa come ritorno alle antiche forme di vita religiosa, penitenza al primo posto, dimenticate nel generale clima mondano esistente nella Chiesa.
Egli vuole caratterizzarsi con più forza come movimento penitenziale, riproponendo l' austerità classica dell'astinenza quaresimale dalla carne e dai derivati per tutta la vita, dentro e fuori convento. Di questa astinenza praticata in tal modo fa un voto, pari agli altri dello stato religioso, e lo prescrive ai frati e alle monache, mentre ai terziari lo propone come scelta libera.
Pertanto l'Ordine dei Minimi si caratterizza nella Chiesa come dotato di un carisma penitenziale, quello della vita quaresimale, e si pone con una originalità tutta propria tra la vita monastica e quella degli Ordini mendicanti.
Proponendo la vita quaresimale, egli non propose solo l'astinenza, ma tutto il patrimonio spirituale che la Chiesa vive in questo tempo liturgico, quindi anche la dimensione contemplati va (preghiera e ascolto della parola di Dio, caratteristica soprattutto delle monache) e quella caritativa (per i frati l'obbligo di dare in elemosina il sovrappiù dei loro beni, per i terziari la proposta delle opere di misericordia).
Per questo motivo la Regola fu definita da Giulio II luce che illumina i penitenti nella Chiesa, indicando così, soprattutto ai frati, la missione di una predicazione incentrata sul rinnovamento della vita e l'impegno nell'amministrazione del sacramento della riconciliazione.
Fu il suo stile di vita e la proposta spirituale ad essa collegata che suscitò grande interesse in Francia, soprattutto tra quanti avevano a cuore la Riforma della Chiesa. Egli divenne così un punto di riferimento importante e decisivo.