All'inizio era composto di soli frati, il Primo Ordine, poi ad essi si aggiunge il Terzo Ordine (1501), il movimento laicale, che si colloca nella scia dei movimenti penitenziali laicali del medioevo e come questi propone il rinnovamento di vita, con la novità di prestare grande attenzione ai problemi dell'usura, invece che a quelli dell'ortodossia, per i cambiamenti del tempo, che ponevano in grande evidenza i problemi legati alle attività commerciali.
Nel 1506 si aggiunse ufficialmente anche il Secondo Ordine, le claustrali, che professano la stessa Regola dei Frati, con l'aggiunta della clausura perpetua. È importante rilevare come in una lettera, scritta al primo nucleo di monache, S. Francesco le esorti a pregare per la pace, proponendo loro così di avere dalla clausura uno sguardo sul mondo.