Sono tanti i miracoli che il Santo ha compiuto nel Convento di Paola. Guarigioni, liberazioni dal demonio, segni straordinari compiuti con il fuoco ed altri ancora che sono narrati nel ciclo pittorico del Chiostro seicentesco (vedi sezione "ARTE").
Fra tutti va ricordato quello della resurrezione del nipote Nicola, figlio della sorella Brigida, deceduto in seguito ad una malattia. La sorella aveva più volte ostacolato la decisione del giovane di condividere la vita dello zio. Data l'occasione Francesco, dopo le esequie del giovane, disse alla sorella: "Se tuo figlio ritornasse in vita, benediresti il suo proposito di indossare l'abito religioso?". La risposta affermativa della sorella in lacrime non si fece attendere, tuttavia accompagnata dalla convinzione che fosse ormai tardi. Senza perder tempo il Santo fece portare il cadavere del giovane nella sua cella. E dopo aver trascorso la notte in orazione, al mattino lo presentò redivivo e vestito con l'abito religioso all'incredula sorella.