Il Santuario di San Francesco di Paola ha una lunga storia, che affonda le sue radici nel lontano secolo XV, attorno agli anni 1435-1452, quando iniziò l'esperienza eremitica di Francesco Martolilla, nato a Paola il 27 marzo 1416 e morto a Tours (Francia) il 2 aprile 1507.
Francesco, giovanissimo, tra i quindici e i venti anni, si ritirò a vita eremitica nel luogo ove ora sorge detto Santuario a lui intitolato, allora aspro e solitario.
I primi compagni aggregati a lui e l'accorrere numeroso all'eremo da parte della gente, attratta in quel luogo dalla fama di santità, spinsero Francesco ad intraprendere la costruzione di una chiesetta con annesso convento.
Iniziò così la storia di questo fabbricato monumentale, che si è sviluppato lungo i secoli fino ad oggi. All'inizio ci fu solo l'idea di una piccola chiesa, tipica di ogni romitorio, come luogo di preghiera per gli eremiti e per i fedeli che vi giungevano.
La tradizione narra che quando l'Eremita di Paola stava per cominciare la fabbrica, il suo Patrono, san Francesco d'Assisi, da cui il romitorio e la primitiva congregazione prendevano il nome, gli apparve per tracciare un progetto di chiesa più ampio di quella pensata dal Paolano, anche in relazione ai mezzi economici a disposizione.