L'11 maggio 1519, dodici anni appena dopo la morte, il papa Leone X lo proclama Santo stabilendo che la sua festa fosse celebrata ogni anno il 2 aprile, giorno della sua morte. La canonizzazione diede grande impulso alla devozione verso il Santo. Molte città, come Napoli, ne chiesero il patronato. Ultimo in ordine di tempo è stato il patronato sulla regione Calabria, riconosciuto da Giovanni XXIII.
Si diffusero particolari forme devozionali, come l'uso di indossare per un certo periodo un abito votivo, che riproduce l'abito religioso dei frati, la distribuzione di candele benedette inviate agli ammalati e, soprattutto, alle partorienti.
Una di queste forme di devozione è quella che da sempre gli ha tributato la gente di mare. Per i tanti prodigi operati sul mare a beneficio di quanti lavorano su di esso, ma soprattutto per il prodigioso passaggio dello stretto di Messina sul suo mantello, S. Francesco di Paola è stato dichiarato da Pio XII il 27 marzo 1943 patrono della gente di mare italiana.