Modesta per proporzioni e per arte, è tuttavia tanto cara ai devoti del Santo.
Dopo
l'oratorio costruito vicino al letto del fiume (1435), San Francesco edificò una chiesetta che dedicò al Santo di Assisi (1454). Essa corrisponde all'attuale Cappella del Santo e all'odierno coro inferiore; aveva l'ingresso dove è ora il mausoleo del principe Salvatore Spinelli.
Resa insufficiente in seguito all'accresciuto numero dei religiosi ed all'affluenza dei fedeli, il Santo pensò di ingrandirla (1469-1474).
Aggiunse casi una larga navata, con doppia volta a crociera, in senso trasversale alla primitiva chiesa ed una navata minore a destra.
Fu creato anche il nuovo ingresso: l'attuale. La nuova chiesa venne dedicata a Santa Maria degli Angeli.
Ai lavori di ampliamento di quest'ultima chiesa si riconnette la maggior parte dei miracoli compiuti dal Santo, dei quali tuttora il visitatore vede i luoghi e i ricordi nella " Zona dei Miracoli". Distrutta nel Luglio 1555 da una masnada di pirati turchi, la chiesa assieme al convento venne in breve riedificata.
Nel 1700 Mons. Giuseppe Perrimezzi, Vescovo Minimo nativo di Paola, pensò di abbellirla secondo il discutibile gusto del tempo, ricoprendola di pesanti stucchi.
Dopo importanti "lavori di consolidamento del vecchio edificio del Santuario, rimosse le sovrastrutture e gli stucchi di un cattivo barocco settecentesco, sono stati riportati alla luce gli elementi architettonici primitivi, in pietra viva, dovuti personalmente a San Francesco.
Gode del privilegio dell'Indulgenza Plenaria quotidiana perpetua. Nel 1928 è stata insignita del titolo di Basilica dal Papa Pio XI.