Dal pronao della Chiesa si accede sia all’antico romitorio che al chiostro.
Il “primitivo oratorio” oggi fa parte dei sotterranei del convento e si accede ad esso da una scalinata in prossimità del chiostro.
Fu costruito circa nel 1436 sulla sponda sinistra del fiume Isca, distante approssimativamente 60 metri dalla prima grotta occupata da Francesco.
Si tratta di un oratorio molto piccolo, lungo m. 12,60 e largo 4,30, formato da un antro rettangolare. Sulla parete che dà sull'Isca si aprono tre finestrelle rettangolari. Nel fondo c’è un semplicissimo altare.
L’antico romitorio è dotato solo dell’essenziale, senza alcuna pretesa artistica, ma dall’alto valore spirituale, oltre che storico. Questa cappella così spoglia, realizzata grazie al generoso sostegno dei genitori di san Francesco, può essere considerato luogo di gestazione dell’Ordine dei Minimi. Voleva essere semplicemente uno spazio di raccoglimento che avrebbe dovuto favorire l’ascesi dei frati, al riparo da ogni altra distrazione.
Di fianco, seguendo un cunicolo molto stretto, si accede alle tre cellette che il Santo aggiunse per accogliere i primi seguaci. La prima celletta è rettangolare (m. 5,30 per 2,20); la cella contigua è molto irregolare; la terza, detta “Antro della Penitenza”, è tutta nel tufo, rettangolare (m. 5,30 per 1,60), ed è molto umida, perché le pareti trasudano acqua che scorre lungo i margini del pavimento.
Questo complesso che costituisce l’antico Romitorio è stato riportato alla luce solo in tempi recenti e in modo molto misterioso.
Difatti, nel 1929, il solaio della cucina soprastante sprofondò, coinvolgendo nelle macerie un giovane chierico. Il ragazzo fu soccorso da un Frate– si ritiene fosse san Francesco di Paola stesso -, che lo prese per mano e lo portò dinanzi ad una porta, alla quale bussò con un sasso, ancora conservato in una delle cellette. Dai saggi condotti attraverso quella porta, si giunse alla scoperta dei ruderi del primitivo romitorio, che era stato ingombrato da materiale diverso fin dall’occupazione francese del 1809.
Il chiostro, è di forma leggermente rettangolare ed è formato da archi gotici. Pur essendo molto semplice, è di una bellezza suggestiva.
All'inizio della parete destra, subito dopo l'ingresso, c'è un affresco con la figura a mezzo busto di S. Francesco, nei tradizionali lineamenti noti come “vera effige”.
Le lunette sono adornate da pitture risalenti probabilmente al XVII secolo che raffigurano scene della vita del Santo. Pur essendo state restaurate nel 1930 dai fratelli Tullio ed Edoardo Brizi e nel 1952 dal De Maddis, questi affreschi meriterebbero di essere ravvivati.